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La bella chiesa venne edificata probabilmente nel IX secolo ed originariamente dedicata alla Santissima Trinità. Collocata al di sopra della Grotta di San Michele, sottolineava, proprio grazie alla sua posizione, una sorta di gerarchia celeste, nel tentativo evidente di combattere la diffusione dell'eresia di Cerito di Antioca, che voleva gli Angeli creatori del mondo.
L'imponente edificio è costruito in una calda pietra arenaria e fonde stilemi e temi dell'architettura bizantina come le due cupole, una a base circolare, l'altra a base ellittica, collegate da volta a botte, con elementi costruttivi tipici dell'architettura normanna. La chiesa presenta inequivocabili i segni delle manomissioni subite nel corso dei secoli, come l'apertura di più ingressi sui lati lunghi del corpo dell'edificio. L'elemento di alterazione più evidente è l'abbattimento con chiusura dell'abside, con apertura di una finestra ad opera dei duchi Guevara, che rilevarono l'intero Complesso Abbaziale nel '500, trasformandolo in dimora nobiliare. Tale intervento era legato alla necessita di creare un collegamento diretto tra gli appartamenti dei duchi e la chiesa, in modo che i nobili potessero assistere alle funzioni senza uscire di casa e mescolarsi così alla plebe. Tutto ciò comportò il ribaltamento della disposizione interna della chiesa, incluso lo spostamento dell'altare.
In seguito agli interventi di restauro operati negli anni '80 del secolo scorso la distribuzione interna originaria è stata ripristinata e gli spazi sono stati arricchiti da un pulpito, un altare con sedile e una croce, assemblati con elementi decorativi e materiali lapidei rinvenuti nell'area esterna prospiciente lo stesso edificio. A lato della Chiesa sono visitabili alcuni locali del monastero dell'ex Abbazia: si tratta verosimilmente di ambienti che erano destinati all'ospitalità di pellegrini e viandanti e sono caratterizzati dalla presenza di volte a crociera; in essi è possibile scorgere anche i resti dell'abbattuta abside della Chiesa Dell'Annunziata.
