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Di probabile origine paleocristiana, così come testimonierebbero i numerosi elementi architettonici e decorativi risalenti al II secolo dopo Cristo, la Chiesa di San Basilio di Troia venne probabilmente ricostruita con pianta a croce latina durante la fondazione della Troja bizantina.
Si tratta di un bell'edificio isolato, caratterizzato dalla tessitura muraria in pietra viva. Il suo aspetto attuale però risente dei numerosi rimaneggiamenti subiti nei secoli, soprattutto tra il Rinascimento e l’epoca barocca. La chiesa si presenta molto semplice sia all'esterno che negli interni.
La facciata è caratterizzata dal portale originale e dalla bifora posta nella parte sommitale; nei due piccoli timpani a baldacchino denuncia le manomissioni barocche. Antica pare invece l’unica abside, che sporge dalla parete ed è percorsa da colonnine e archetti pensili. Mentre le porte sul lato sinistro sono riccamente decorate (una è sormontata da un architrave romano). La torre campanaria è evidentemente di epoca successiva.
L’interno è uno spazio austero, nitido e definito: a tre navate, presenta coperture a volta che nel '500 hanno sostituito l’antico tetto a capriate. La volta è retta da otto colonne costruite con frammenti di marmo e conci di pietra che sostengono semplici capitelli sbozzati, abaci e archi a tutto sesto. Anche la cupola centrale è rinascimentale, mentre sono originali la copertura a botte del braccio destro del transetto e la copertura a crociera della sagrestia.
La chiesa custodisce un bel fonte battesimale seicentesco, un affresco del sesto secolo, raffigurante il Battesimo di Cristo, e una tela settecentesca della Madonna con il Bambino e i Santi, forse opera del Solimena o di Domenico Preste.
