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In origine l’entrata alla grotta di San Michele si apriva su un ripido declivio, a cui si accedeva solo tramite una scalinata scavata nella roccia. Successivamente, in epoca barocca, lo spazio antistante all’ingresso della caverna fu ampliato e vi si costruì la chiesa dedicata a San Pellegrino, che oggi ingloba l’ingresso alla grotta di San Michele.
La chiesa originaria fu edificata forse nel 1527 e dedicata a San Pellegrino nel 1643, quando l’arciprete Francesco Calvani ottenne dal vescovo di Troia l’osso del pollice destro del santo, il cui corpo si conserva nella cripta della cattedrale di Foggia. La posizione sul ciglio di un dirupo e i vari terremoti verificatisi nei secoli comportarono agli inizi del '800 il crollo dell'edificio che venne ricostruito ed acquisì le fattezze attuali negli anni '60 del '900.
La Chiesa presenta una bella facciata impreziosita dal portale bronzeo realizzato a fine anni '60 dallo scultore fiorentino Iorio Vivarelli, le cui formelle narrano storie bibliche e miracoli con protagonisti San Michele e gli Angeli, tra cui l'apparizione di San Michele a Monte Sant'Angelo e a Castel dell'Angelo a Roma, l'Angelo del Signore che ferma la mano di Abramo intento a sacrificare il figlio Isacco e la cacciata dall'Eden di Adamo ed Eva. Al di sopra del portale si trova un lunotto ogivale contenente un bel mosaico raffigurante il Cristo Pantocratore. L'interno è caratterizzato dalla presenza di vetrate policrome raffiguranti le virtù teologali, i Santi apostoli e San Michele che sconfigge il Diavolo.
