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Il recinto della Fortezza protegge al suo interno tracce degli insediamenti che caratterizzarono l'altura dal neolitico al medioevo, come quelli inerenti l'acropoli della Lucera romana o i resti di una basilica paleocristiana.
Federico II nel 1223 deporta a Lucera dalla Sicilia una cospicua colonia saracena e fa erigere in questo luogo un palazzo, di cui resta solo la base troncopiramidale. Su tale base di alzava una torre quadrata di tre livelli, che aveva al suo interno una corte ottagonale ad anticipare le forme di Castel del Monte. Il Palazzo non presentava accessi al piano terra, per cui probabilmente ad esso si accedeva o tramite scale a pioli o, più verosimilmente, attraverso una galleria interrata. I piani alti erano destinati alla corte, mentre quello basso alla guarnigione; l'edificio inoltre ospitava una delle zecche dello stato.
In seguito Carlo I d'Angiò fece erigere una imponente cinta muraria in laterizio a cingere l'intera collina. Si tratta della fortificazione europea più estesa dell'epoca: lunga 900 metri, alta 13 metri e spessa oltre 1 metro e coronata da camminamento. Le mura erano intervallate da 13 torri quadrate, 2 bastioni pentagonali, 7 contrafforti e 2 torri cilindriche angolari: la più semplice, detta del Leone o del Re, è alta 15 metri e larga 8; l'altra, che presenta una merlatura a coronamento, è alta ben 25 metri ed è larga 14 ed è detta della Leonessa o della Regina. Alla cittadella fortificata, costituita tra l'altro da una chiesa e un palazzo gotici non più esistenti, si accedeva attraverso 4 porte ogivali (di Castelfiorentino, Troia, Guardiola e di Lucera) e un ponte levatoio che permetteva di oltrepassare il fossato che la separava dalla città.
